ازدواج با فاطمه مدت کمی پس از رفتن علی به مدینه، محمد به علی گفت که خداوند به وی فرمان داده‌است که دخترش، فاطمهٔ زهرا، را به ازدواج وی درآورد. با اینکه چندهمسری مجاز بود، علی در زمان حیات فاطمه، با زن دیگری ازدواج نکرد.۵۷ ازدواج علی با فاطمه، دارای اهمیت معنوی خاصی برای تمام مسلمانان است. زیرا به عنوان ازدواجی میان مهمترین شخصیت‌های مقدس از خویشان محمد تلقی می‌گردد. محمد که تقریباً هر روز به دیدار دخترش می‌رفت، با این ازدواج به علی نزدیک‌تر شد و یک بار به وی گفت که تو برادر من در این دنیا و آخرت هستی. پس از مرگ فاطمه، علی با زنان دیگری ازدواج نمود و صاحب فرزندان بسیار دیگری شد.۵۸ خانواده‌ای که از ازدواج این دو تشکیل شد، مکرراً از سوی محمد مورد ستایش قرار می‌گرفت و محمد از آن در واقعه‌هایی مانند رویداد مباهله و حدیث آل عبا، به عنوان اهل بیت یاد کرد. در قرآن نیز در موارد متعددی مانند آیهٔ تطهیر، از اهل بیت به بزرگی یاد شده‌است امأموریت‌های مهم علی در این دوران از سوی محمد، چندین مأموریت مهم را عهده‌دار شد. محمد وی را به عنوان یکی از کاتبان متن قرآن منصوب کرد. نقش علی در تدوین نسخهٔ مکتوب قرآن، یکی از مهمترین مشارکت‌های وی در اسلام محسوب می‌گردد.۶۱ پس از هجرت، محمد هنگامی که میان مهاجرین و انصار پیوند برادری می‌بست، علی را به عنوان برادر خویش برگزید. علی در سال ۹ هجری، نویسندهٔ متن صلح حدیبیه بود. در سال ۶۳۰ میلادی، سال قبل از فتح مکه، هنگامی که ابوبکر حج را رهبری می‌کرد، محمد سورهٔ «برائت از مشرکان (توبه)» را۶۲۶۳ توسط علی به مکیان ابلاغ کرد.۶۴ یک سال بعد از آن محمد، علی را برای گسترش تعالیم اسلام، به یمن فرستاد.۶۵ علی کسی بود که برای شکستن بت‌های درون کعبه و دیگر بت‌هایی که توسط قبیله‌های اوس و خزرج و طیء پرستیده می‌شد، انتخاب شد.۶۶ همچنین علی مأموریت یافت تا کشمکش‌ها را حل و فصل و شورش‌های قبائل گوناگون را سرکوب کند.۶۷ در جنگ‌ها نقاشی تخیلی از نبرد تن به تن مابین علی بن ابی‌طالب (سمت چپ) و عمرو بن عبدود (سمت راست) در جنگ خندق علی به جز جنگ تبوک۶۸ در تمام غزوه‌ها شرکت داشت. او معمولاً علم‌دار سپاه محمد بود و در دو غزوه (خیبر در سال ششم هجری۶۹ و یمان به سال ده هجری۷۰) فرمانده سپاه اسلام بود.۷۱ شجاعت علی در سفرهای نظامی به افسانه مبدل گشت. وی به همراه حمزه، ابودجانه و زبیر به خاطر حملاتش به دشمن شناخته می‌گردد. گفته می‌شود که در جنگ بدر به تنهایی بیش از یک‌سوم افراد دشمن را کشت. در سال ۵ هجری، او به دست خود، دشمنانی را که از سوی محمد به مرگ محکوم شده بودند، اعدام کرد و به همراه زبیر، بر کشتار قبیلهٔ بنی‌قریظه نظارت نمود.۷۲ او قاطعانه در جنگ‌های احد مصادف با ۶۲۵ میلادی۷۳ و حنین مصادف با ۶۳۰ میلادی۷۴ از محمد محافظت کرد. پیروزی مسلمانان در جنگ خیبر را به شجاعت وی نسبت می‌دهند. علی در آهنین و سنگین خیبر را به عنوان سپر خود به کار برد،۷۵ طبق روایتی، جبرئیل به رزم علی و شمشیرش ذوالفقار که از محمد گرفته بود، اشاره کرد و به محمد گفت «جوانمردی جز علی و شمشیری جز ذوالفقار وجود ندارد». علی با جنگجوی بزرگ قریش، طلحه بن ابی‌طلحه جنگید. طلحه مدام رجز می‌خواند که هر مسلمانی را که به مصافش بیاید شکست می‌دهد. وقتی طلحه از علی شکست خورد، با بیان جمله «کرم الله وجهه» از وی تقاضای رحمت کرد. این دعای خیر، یکی از القاب علی گردید که بیشتر توسط اهل سنت به کار برده می‌شود. این عبارت که معمولاً با کلمات دیگری همراه می‌شود، به منظور درود فرستادن و دعای خیر کاربرد دارد.۷۶ فتح مکه نوشتار اصلی: فتح مکه در سال ۶۳۰ میلادی مردم مکه تسلیم شدند و محمد مکه را فتح کرد. وی از علی خواست تا ضمانت کند که این پیروزی بدون خون‌ریزی خواهد بود چرا که محمد مسلمانان فاتح را از انتقام‌گیری از مکیان مغلوب منع کرده بود. محمد به وی دستور داد تا کعبه را بت‌های دوران جاهلیت پاک کند.۷۷ غدیر خم نوشتار اصلی: غدیر خم شیعه Hadith Ali.svg عقاید اصول
توحید • نبوت • معاد یا قیامت عدل • امامت فروع
نماز • روزه • خمس • زکات • حج • جهاد • امر به معروف و نهی از منکر • تولی • تبری عقاید برجسته
مهدویت: غیبت (غیبت صغری، غیبت کبرا)، انتظار، ظهور و رجعت • بدا • شفاعت و توسل • تقیه • عصمت • مرجعیت، حوزه علمیه و تقلید • ولایت فقیه • متعه • شهادت ثالثه • جانشینی محمد • نظام حقوقی شخصیت‌ها چهارده معصوم
محمد • علی • فاطمه • حسن • حسین • سجاد • باقر • صادق • کاظم • رضا • جواد (تقی) • هادی (نقی) • حسن (عسکری) • مهدی صحابه
سلمان فارسی • مقداد بن اسود • میثم تمار • ابوذر غفاری • عمار یاسر • بلال حبشی • جعفر بن ابی‌طالب • مالک اشتر • محمد بن ابوبکر • عقیل • عثمان بن حنیف • کمیل بن زیاد • اویس قرنی • ابوایوب انصاری • جابر بن عبدالله انصاری • ابن عباس • ابن مسعود • ابوطالب • حمزه • یاسر • عثمان بن مظعون • عبدالله بن جعفر • خباب بن ارت • اسامه بن زید • خزیمة بن ثابت • مصعب بن عمیر • مالک بن نویره • زید بن حارثه زنان: فاطمه بنت اسد • حلیمه • زینب • ام کلثوم بنت علی • اسماء بنت عمیس • ام ایمن • صفیه بنت عبدالمطلب • سمیه علما
روحانیان شیعه مکان‌های متبرک مکه و مسجد الحرام • مدینه، مسجد النبی و بقیع • بیت‌المقدس و مسجدالاقصی • نجف، حرم علی بن ابی‌طالب و مسجد کوفه • کربلا و حرم حسین بن علی • کاظمین و حرم کاظمین • سامرا و حرم عسکریین • مشهد و حرم علی بن موسی الرضا دمشق و زینبیه • قم و حرم فاطمه معصومه • شیراز و شاه چراغ • آستانه اشرفیه و سید جلال‌الدین اشرف • ری و شاه عبدالعظیم مسجد • امامزاده • حسینیه روزهای مقدس عید فطر • عید قربان (عید اضحی) • عید غدیر خم • محرّم (سوگواری محرم)، تاسوعا، عاشورا و اربعین) • عید مبعث • میلاد پیامبر • تولد ائمه • ایام فاطمیه رویدادها رویداد مباهله • غدیر خم • سقیفه بنی‌ساعده • فدک • رویداد خانه فاطمه • قتل عثمان • نبرد جمل • نبرد صفین • نبرد نهروان • واقعه کربلا • مؤتمر علماء بغداد • حدیث ثقلین • اصحاب کسا • آیه تطهیر • شیعه‌کُشی کتاب‌ها قرآن • نهج‌البلاغه • صحیفه سجادیه کتب اربعه: الاستبصار • اصول کافی • تهذیب الاحکام • من لایحضره الفقیه مصحف فاطمه • مصحف علی • اسرار آل محمد وسائل‌الشیعه • بحارالانوار • الغدیر • مفاتیح‌الجنان تفسیر مجمع‌البیان • تفسیر المیزان • کتب شیعه شاخه‌ها دوازده‌امامی (اثنی‌عشری) • اسماعیلیان • زیدیه • غلاه منابع اجتهاد کتاب (قرآن) • سنت (روایات پیامبر و ائمه) • عقل • اجماع ن ب و نقاشی انتصاب علی توسط محمد در غدیر خم، کتاب آثار الباقیه عن القرون الخالیه ابوریحان بیرونی، ۱۳۰۷ یا ۱۳۰۸ میلادی هنگامی که محمد از آخرین حج خود در سال ۶۳۲ میلادی باز می‌گشت، خطابه‌ای در مورد علی ایراد نمود که توسط شیعه و سنی بسیار متفاوت تفسیر شده‌است. مطابق با روایت هر دو گروه محمد گفت که علی وارثش و برادرش و کسی است که هر کس پیامبر را به عنوان مولایش (رهبر یا دوست قابل اعتماد) بپذیرد (کلمهٔ مولا مرتبط است با ولایت (به کسر واو) یا وَلایت (به فتح واو) که حکومت، شروع مبادرت، غلبهٔ معنوی و قدرت معنی می‌دهد) باید او را نیز به عنوان مولایش بپذیرد. شیعیان این بیان را به معنی تعیین علی به جانشینی پیامبر و اولین امام می‌دانند. در مقابل اهل سنت این بیان را تنها اظهار نزدیکی پیامبر به علی می‌دانند و نیز اظهار خواسته‌اش که علی به عنوان پسرعمو و فرزندخوانده‌اش جانشین او در مسئولیت‌های خانوادگی‌اش پس از مرگ شود.۷۸ به گفتهٔ دکاکه در دانشنامهٔ ایرانیکا، اولین منبع تاریخی که به غدیر خم اشاره می‌کند یعقوبی، مورخ شیعه در نیمهٔ دوم قرن سوم هجری، است و اولین آثار ادبی قابل تاریخ‌گذاری بجامانده، مجموعهٔ اشعاری از نویسندگان شیعه در قرن دوم هجری است. نکتهٔ قابل توجه این است که در میان دلایلی که علی در کتاب نهج البلاغه برای بر حق بودنش ذکر می‌کند، اشاره‌ای به غدیر خم نیست. اما چنین به نظر می‌رسد که از حدود قرن دوم هجری حدیث غدیر خم به عنوان یکی از دلایل مهم برای اثبات بر حق بودن علی بر جانشینی محمد به کار رفته‌است.۷۹ بنا بر پژوهش دکاکه، حدیث غدیر خم در برخی از منابع شیعه و برخی از منابع سنی آمده اما نقل یا عدم نقل آن بر مبنای دسته‌بندی مذهبی نبوده‌است. طبق بررسی وی این حدیث از سدهٔ نخست در میان مسلمانان مطرح بوده اما در زمان سه خلیفهٔ نخست در اختلافات مذهبی و یا سیاسی میان هواداران و مخالفان علی به آن چندان استناد نمی‌شده‌است. در زمان جنگ‌های میان مسلمانان در دوران خلافت علی، این حدیث دارای اهمیت مذهبی به خصوص در رابطه با موضوع ولایت شد و حامیان علی در تثبیت مشروعیت وی به آن استناد کردند.۸۰ به گفتهٔ مادلونگ در همین دوران، علی در کوفه با استناد به این واقعه بر برتری جایگاه خود بر خلفای پیشین تأکید کرد.۸۱ این حدیث در برخی منابع تاریخی اهل سنت نظیر سیرهٔ ابن هشام، تاریخ طبری و طبقات ابن سعد نیامده، اما در انساب الاشراف بلاذری ذکر شده‌است. بیشترین نقل این روایت به مسند احمد بن حنبل مربوط می‌شود. از مورخان و محدثان متأخر اهل سنت، ابن عساکر و ابن کثیر حدیث را نقل کرده‌اند. از منابع شیعهٔ دورهٔ امویان، هاشمیات کمیت بن زید اسدی و کتاب سلیم بن قیس هلالی حدیث را آورده‌اند. حال آنکه در منابع حدیثی شیعه که از قرن سوم به بعد گردآوری شده‌اند نظیر اصول کافی چندان به آن پرداخته نشده‌است و صرفاً برای تثبیت نظریهٔ شیعی نصب امام توسط نص آن را ذکر کرده‌اند. همچنین منابع تاریخی مایل به شیعه در سده‌های نخست چندان به غدیر نپرداخته‌اند. مسعودی در مروج الذهب اصلاً آن را ذکر نکرده و یعقوبی فقط گزارش مختصری از آن آورده‌است. بنا بر تحلیل دکاکه این واقعه بیشتر در آن دسته از منابع تاریخی آمده‌است که مربوط به دورهٔ امویان می‌شود و یا بر منابع این دوره اتکا دارد و در دوره عباسیان از توجه به آن کاسته شده‌است.۸۲ از مرگ محمد تا خلافت جانشینی محمد نوشتار‌های اصلی: جانشینی محمد و سقیفه پس از مرگ محمد، در حالی که علی، عباس و دو پسرش، فضل و قثم، و دو بردهٔ آزادشدهٔ پیامبر، زید و شغران،۸۳ به همراه طلحه و زبیر و جمعی از صحابهٔ محمد، مشغول خاکسپاری‌اش بودند،۸۴ گروهی از صحابه در محلی به نام سقیفه بنی ساعده جمع شدند و دربارهٔ جانشین محمد به بحث و جدل پرداختند. نتیجهٔ این بحث و جدل‌ها، انتخاب ابوبکر به عنوان جانشین محمد بود.۸۵۸۶ انصار در سقیفه بنی ساعده از سعد بن عباده حمایت می‌کردند، اما مهاجران این را نپذیرفته و خود را از لحاظ خویشاوندی نزدیک‌تر به محمد می‌دانستند. در میان مهاجران عده‌ای نیز به سرکردگی علی و شامل زبیر، طلحه، عباس بن عبدالمطلب، مقداد، سلمان فارسی، ابوذر غفاری و عمار بن یاسر، علی را وارث مشروع محمد می‌دانستند. دانشنامهٔ ایرانیکا معتقد است تاریخ‌نگاران مسلمان اتفاق نظر دارند که بحران موجود در این برهه، توسط سه تن از مهاجران مشهور به نام‌های ابوبکر و عمر و ابوعبیده جراح برطرف گردید. آنان انصار را جمع کرده و به آن‌ها ابوبکر را تحمیل کردند. حسادت بین دو قبیلهٔ مهم انصار به نام اوس و خزرج و عدم فعالیت بنی‌هاشم در تبلیغ نظرشان، موفقیت این سه تن را تسهیل نمود.۸۷ این انتخاب باعث اختلاف بین هواداران ابوبکر و طرفداران علی شد. طرفداران علی قائل بودند که علی توسط شخص محمد به جانشینی انتخاب شده‌است و بنابراین مقام خلافت باید از آن وی باشد.۸۸۸۹ علاوه بر آن، طبری در تاریخ خود نقل کرده‌است که گروهی از مخالفان ابوبکر از جمله زبیر در خانهٔ فاطمه گرد آمدند و عمر با تهدید به آتش زدن خانه، آن‌ها را بیرون کشاند. علی بعداً مکرر می‌گفت که اگر چهل یاور داشت قیام می‌کرد.۹۰ هنگامی که این افراد که از اولین مخالفان ابوبکر بودند بتدریج ابوبکر را به رسمیت شناختند، علی تا شش ماه از بیعت با ابوبکر سر باز زد.۹۱ دانشنامهٔ بریتانیکا می‌نویسد علی پس از اتمام مراسم تدفین محمد، در یک عمل انجام‌شده قرار گرفت ولی اعتراضی نکرد.۹۲ دانشنامهٔ ایرانیکا می‌نویسد که علی و بنی‌هاشم تا قبل از مرگ فاطمه (حدود شش ماه) از بیعت با ابوبکر سر باز زدند. علی بر روی حقش پافشاری ننمود، چرا که تمایل نداشت امت نوپای اسلام دچار کشمکش گردد.۹۳ به گفتهٔ مادلونگ، علی به خاطر خویشاوندی نزدیک و ارتباط صمیمی با محمد، و نیز به خاطر دانش فراوان از اسلام از ابتدا و شایستگی در به خدمت گرفتن احکام آن، شخصاً به‌شدت معتقد بود که بهترین شخص برای جانشینی محمد است. خط مشی‌هایی که توسط ابوبکر و عمر پایه‌ریزی شده بود، از دیدگاه علی بی‌مورد تلقی می‌شد. او به ابوبکر گفته بود که علت تأخیر در بیعت وفاداریش با ابوبکر به عنوان خلیفهٔ مسلمانان، اعتقاد به ارجحیت تعلق این عنوان به خودش بوده‌است. او این عقیده را هنگامی که با ابوبکر و عمر و عثمان بیعت می‌کرد نیز ترک نکرد. او که معتقد بود جانشین بر حق محمد است، هنگامی که مطمئن شد همه از او روی گردانده‌اند، برای حفظ وحدت اسلام با ابوبکر بیعت نمود. اگر جامعهٔ مسلمانان یا بخش کوچکی از آنان، به او اقبال پیدا می‌کردند، وی دیگر خلافت را تنها «حق» خود نمی‌دانست، بلکه آن را «وظیفهٔ» خود قلمداد می‌کرد.۹۴ هر چند عباس، عموی محمد، و آنچنان که گفته می‌شود ابوسفیان، از علی خواستند تا جامعهٔ اسلامی را در کنترل خاندان بنی‌هاشم بگیرد، او هیچ تلاشی در این زمینه نکرد.۹۵ اما بنا بر نقل منابع تاریخی علی بعداً در نامه به معاویه نوشت که علت رد این پیشنهاد بیم پراکندگی امت بوده‌است.۹۶ در مورد جانشینی علی، مورخان و دانشوران تاریخ اسلام عموماً یا دیدگاه اهل سنت را پذیرفته‌اند و یا اینکه حقیقت موضوع را غیرقابل کشف دانسته و از آن رد شده‌اند. یکی از مورخانی که از این سنت رایج جدا شده‌است ویلفرد مادلونگ می‌باشد.۹۷ ویلفرد مادلونگ در دانشنامهٔ اسلام اصلی‌ترین ادعاهای شیعه را دیدگاه خود شخص علی می‌داند زیرا به عقیدهٔ او علی خود را شایسته‌ترین فرد برای خلافت در مقایسه با دیگر صحابه می‌دانست و کل جامعهٔ مسلمانان را به دلیل روی گرداندن از خودش ملامت می‌کرد، اما در عین حال رفتار ابوبکر و عمر در مسند خلافت را می‌ستود و تخریب شخصیت آن‌ها را نکوهش می‌کرد.۹۸ مادلونگ معتقد است که از آنجایی که در رسوم عربان آن زمان، خصوصاً رسوم قریش، جانشینی موروثی معمول بوده و قرآن بر اهمیت پیوند خونی میان پیامبران و خصوصاً اهل بیت تأکید ورزیده‌است و اینکه انصار از خلیفه‌شدن علی حمایت می‌کردند، ابوبکر می‌دانست که تشکیل یک شورا برای انتخاب خلیفه به انتخاب علی می‌انجامد و به همین دلیل به شکل حساب‌شده‌ای جریان‌های سیاسی را برای خلیفه‌شدن خودش هدایت کرد.۹۹ از طرف دیگر لئورا وچا ولیری در دانشنامهٔ اسلام این موضوع را که علی واقعاً امید داشت تا جانشین پیامبر شود، مورد تردید می‌داند زیرا اعراب طبق سنت، رئیس خود را از میان ریش‌سفیدان انتخاب می‌کردند و علی در آن زمان تنها کمی بیش از سی سال سن داشت و اعتبار لازم برای جانشینی محمد را طبق سنن اعراب نداشت؛ ولیری معتقد است که شیعیان با حدیث‌سازی یا تفسیر به مطلوب کلمات منتسب به محمد، بر این موضوع پای می‌فشارند که پیامبر قصد داشته تا علی را به عنوان جانشین خود برگزیند، حال آنکه جای هیچ شکی نیست که در هنگام واپسین بیماری، محمد سخنی در مورد جانشین خود بیان ننمود.۱۰۰ ویلفرد مادلونگ می‌نویسد، علی نمی‌توانسته که بر مبنای قرابت خویشاوندی با محمد، امیدوار به خلیفه‌شدن بعد از عمر بوده باشد. زیرا قریش از جمع‌شدن پیامبری و خلافت در یک قبیله حمایت نمی‌کردند. وی معتقد است که این مهم از سنخ «کودتای صورت‌گرفته توسط ابوبکر و عمر» در سقیفه بنی‌ساعده نیست، بلکه از حسادت عمیق قریش نسبت به علی نشئت می‌گیرد؛ بنابراین تنها شانس علی برای شرکت در امور مسلمین، مشارکت کامل وی در اهل شورا می‌توانست باشد که توسط عمر پایه‌ریزی شده بود. ابن‌عباس روایت می‌کند که در جایی عمر به وی گفته که علی در واقع شایسته‌ترین شخص برای جانشینی محمد بوده، اما ما از وی به دو دلیل ترسیدیم. وقتی ابن‌عباس مشتاقانه از عمر در مورد این دو دلیل سؤال می‌کند، عمر در پاسخ به وی می‌گوید، اولی جوان بودن و دومی علاقهٔ زیاد علی به خاندان بنی‌هاشم. بر اساس این روایت، تمامی آرزوهای علی و هوادارانش برای احراز خلافت به ناامیدی مبدل گردید. عمر در خلال این پاسخ، به سقیفه بنی‌ساعده اشاره می‌کند. در این اشاره، عمر به عقیده‌اش دربارهٔ تشکیل شورا به عنوان مبنایی برای تعیین خلیفه اشاره کرده و عملاً، از این به بعد، هر گونه تعیین خلیفه بدون مشورت را تقبیح می‌نماید؛ بنابراین با این کار، خلافت نمی‌توانست در انحصار قبیله‌ای خاص باشد و به تمامی قریش تعلق داشت.۱۰۱ خلافت ابوبکر گاهشمار زندگی علی بن ابی‌طالب رویدادهای زندگی علی بن ابی‌طالب در مکه ۵۹۹
ولادت در ۱۷ مارس برابر با ۱۳ رجب ۲۴ قبل از هجرت ۶۱۰
مسلمان‌شدن پس از اولین آیات قرآن ۶۱۳
قبول دعوت محمد در یوم‌الدار ۱۹–۶۱۷
شعب ابی‌طالب ۶۲۲
لیلة المبیت در مدینه ۶۲۲
هجرت به مدینه عقد اخوت با محمد ۶۲۳
ازدواج با فاطمه زهرا ۶۲۴
غزوهٔ بدر و کشته‌شدن بسیاری از قریش به دست علی ۶۲۵
تولد حسن مجتبی غزوهٔ احد و دفاع از محمد پس از فرار مسلمانان ۶۲۶
تولد حسین بن علی ۶۲۷
غزوه خندق: کشتن عمرو بن عبدود ۶۲۸
صلح حدیبیه ۶۲۸
غزوه خیبر تولد زینب ۶۲۹ غزوهٔ مؤته ۶۳۰
فتح مکه و غزوهٔ حنین ۶۳۱
مباهله با مسیحیان نجران ۶۳۲
غدیر خم پس از محمد تا پیش از خلافت ۶۳۲
انتخاب ابوبکر به خلافت در سقیفه بنی‌ساعده مرگ فاطمه ۶۴۴
قتل عمر بن خطاب و شرکت علی در شورای انتخاب خلیفه ۶۴۸
ولادت عباس بن علی خلافت ۶۵۶
انتخاب علی به عنوان خلیفه آغاز شورش‌ها جنگ جمل ۶۵۷ انتقال مرکز حکمرانی به کوفه نبرد صفین ۶۵۸
حکمیت جنگ با خوارج ۶۵۹
شکست فرماندار علی از عمرو عاص در مصر غارت عراق، حجاز، و یمن توسط معاویه ۶۶۰
معاویه خود را خلیفه خواند. ۶۶۱
کشته‌شدن در ۲۸ ژانویه مصادف با ۲۱ رمضان به ضربهٔ شمشیر ابن ملجم مرادی در مسجد کوفه ن ب و علی در این دوران زندگی منزویانه‌ای در پیش گرفت و عمدتاً به فعالیت‌های مذهبی مشغول بود. او خود را وقف مطالعه و آموزش قرآن کرد.۱۰۲ اولین قرآن جمع‌آوری‌شده از لحاظ تاریخی، به وی نسبت داده می‌شود. دانش وی از قرآن و سنت به کمک خلفای پیشینش در مسائل شرعی می‌آمد.۱۰۳ او به ابوبکر و عمر در امور مربوط به دولت نیز مشاوره می‌داد۱۰۴ و به عنوان «مشاوری باارزش» شناخته می‌شد، البته این که خلیفه دوم، عمر، مشورت‌های او را می‌پذیرفت یا خیر مورد تردید است.۱۰۵ علی با وجود این که در زمان زندگانی محمد تقریباً در تمام حوادث اسلام شرکت داشت،۱۰۵ در جنگ‌های رده و فتوحات مسلمانان شرکت نکرد. کارهای انجام‌شده توسط علی بعد از خلافتش، نشانگر این است که وی با سیاست‌های خلفای پیشینش موافق نبود. عدم موافقت وی با سیاست‌های خلفای پیشین را می‌توان از جوابش به عبدالرحمن بن عوف در شورای انتخاب خلیفه مبنی بر پذیرش قرآن و سنت و سیاست‌های ابوبکر و عمر حدس زد.۱۰۶ خلافت عمر دانشنامهٔ بریتانیکا می‌نویسد علی خلافت عمر را پذیرفت و حتی دخترش، ام کلثوم، را به ازدواج وی درآورد.۱۰۷ پس از مرگ فاطمه، علی در زمان خلافت عمر نیز، میراث پدری فاطمه را مطالبه کرد؛ اما پاسخ عمر همان پاسخ ابوبکر بود. البته عمر حاضر شد برخی از املاک مدینه را که جزء ارث فاطمه محسوب می‌شد، به پسران عباس بن عبدالمطلب بازگرداند که نمایندهٔ بنی‌هاشم بودند؛ ولی املاک فدک و خیبر کماکان به عنوان املاک دولتی باقی ماند و به بنی‌هاشم عودت داده نشد.۱۰۸ به نوشتهٔ برخی مورخان مسلمان، علی از مشاوران عمر بود. مشاوره‌های علی بیشتر در مورد امور شرعی و بخاطر احاطه‌اش بر قرآن و سنت بود. هرچند جای تردید است عمر توصیه‌های سیاسی علی را پذیرفته باشد یا نه. در طول زمامداری عمر و عثمان، علی هیچ سمت رسمی اداری، نظامی، یا سیاسی را قبول نکرد، به جز سمت نیابت شهر مدینه در زمانی که عمر به سفر فلسطین و سوریه رفته بود، در دوران خلافت عمر و عثمان او در هیچ‌یک از جنگ‌های این دو خلیفه حضور نداشت.۱۰۹ کائتانی بر این باور است که ابولؤلؤ (قاتل عمر) تنها مجری توطئهٔ قتلی بوده‌است که از سوی اصحابی چون علی، طلحه، و زبیر طراحی شده بود و عبید الله بن عمر (که در جنگ صفین در سال ۳۷ هجری کشته شد) به این توطئه معتقد بوده اما دست به عملی دیوانه‌وار (کشتن هرمزان و دخترش) زده‌است. دانشنامهٔ اسلام معتقد است محققانی چون لاوی دلا ویدا و مادلونگ نشان داده‌اند که این دیدگاه کائتانی بی‌پایه و اساس است.۱۱۰ انتخاب خلیفهٔ سوم در هنگام مرگ عمر، شورایی برای انتخاب خلیفهٔ بعدی تشکیل شد. اعضای این شورا شامل علی، عثمان، طلحه، زبیر، عبدالرحمن بن عوف و سعد بن ابی وقاص بودند. از آنجایی که طلحه دقیقاً بعد از انتخاب عثمان به مدینه بازگشت، سعد بن ابی وقاص به عنوان نمایندهٔ رسمی وی در شورای انتخاب خلیفه حضور داشت. علی و عثمان دو نامزد نهایی بودند، ولی در نهایت، رأی به نفع عثمان اعلام گشت. عثمان برادرزن عبدالرحمن بن عوف بود. علاوه بر این، عمر به عبدالرحمن بن عوف در انتخاب خلیفهٔ بعدی، اختیارات بیشتری داده بود و در هنگام خلافتش نیز به رأی او تکیه داشت. علی به اتکای قرابت خویشاوندی‌اش با محمد، ادعای خود برای خلافت را قاطعانه مطرح کرد. در حالی که عثمان، نامزدی خود را منفعلانه پیش می‌برد. عبدالرحمن بن عوف، علاوه بر صحبت جداگانه با دو نامزد، شبانه با سران قریش مشورت کرد و از حمایت قاطع آنان از عثمان مطلع شد. قبیلهٔ بنی‌امیه با وجود عثمان به عنوان نامزد خویشاوند، دیگر لزومی به حمایت از علی ندیدند که نسبت خویشاوندی دورتری به آن‌ها داشت. قبیلهٔ بنی‌مخزوم نیز علیه علی، از عثمان حمایت کردند. عبدالله بن ابی ربیعه، رهبر بنی‌مخزوم و فرمانروای الجند، به عبدالرحمن بن عوف هشدار داد که اگر با علی بیعت کند با نافرمانی قبیله‌اش و اگر با عثمان بیعت کند با اطاعت قبیله‌اش مواجه خواهد شد. در واقع علی در شورای انتخاب خلیفه، حامی نداشت. علی و عثمان هر دو در صورت عدم موفقیت در انتخاب، به انتخاب دیگری راضی بودند. بر حسب بعضی روایات، علی موفق شد که عبدالرحمن بن عوف را متقاعد کند که به جای حمایت از عثمان، از وی حمایت کند. گرچه این مهم را می‌توان در خوشبینانه‌ترین حالت، حمایتی ضعیف به حساب آورد. علاوه بر این، زبیر که بعد از مرگ محمد از حامیان علی بود، در اینجا از عثمان حمایت می‌کرد؛ بنابراین عبدالرحمن بن عوف، دلیلی قاطع برای صدور رأی به نفع عثمان داشت. او رأی خود را در مسجد و در ملأ عام و با حضور هر دو نامزد اعلام کرد؛ بنابراین فشار زیادی بر روی علی وجود داشت که همان‌جا بیعت خود با عثمان را اعلام کند و او با اکراه موافقت کرد.۱۱۱ ویلفرد مادلونگ می‌نویسد، گرچه ممکن بود عمر نگران احتمال انتخاب علی به عنوان خلیفه باشد، اما مدرکی وجود ندارد که وی مستقیماً خواسته باشد تا بر شورا علیه علی تأثیر بگذارد. او چند وقت قبل در حضور عبدالرحمن بن عوف به او در مورد آرزوی قبیلهٔ بنی‌هاشم در مورد «حق خلافت انحصاری» این قبیله و «حق پای‌مال‌شده» علی، هشدار داده بود. چنین فکری بدون شک در اذهان عمومی نیز وجود داشته‌است. علاوه بر این، قتل عمر در مدتی اندک پس از آن، هر گونه مصالحه بین حامیان خلافت قریش و علی را منتفی می‌نماید. عبدالرحمن بن عوف به طور کامل بر احساسات عمر آگاه بود. او ممکن است نام خود را از میان نامزدهای خلافت بیرون کشیده باشد تا بتواند رأیی قاطع جمع‌آوری کرده و از آن علیه علی استفاده کند. اما به نظر می‌رسد که این عمل ابتکار خودش باشد، نه یک عمل تمرین‌شدهٔ پیشنهادی از سوی عمر.۱۱۲ عبدالرحمن بن عوف سه شرط عمل به قرآن، سنت محمد، و روش خلفای پیشین را به علی عرضه کرد که علی تنها دو شرط اول را پذیرفت؛ در حالی که عثمان هر سه شرط را پذیرفت. بنا بر روایت شرح نهج البلاغه ابن ابی الحدید، علی در این هنگام به برتری خود در امر خلافت تأکید کرد؛ اما چون اقبال عمومی به عثمان بود، ناچار شد که با وی بیعت کند.۱۱۳۱۱۴۱۱۵ خلافت عثمان بنا بر نظر سید حسین نصر در دانشنامهٔ بریتانیکا، بر طبق منابع شیعی، علی عثمان را به عنوان خلیفه به رسمیت می‌شناخت. اما موضع بی‌طرفی را بین هواداران و مخالفان وی اتخاذ کرده بود.۱۱۶ بنا بر نظر رابرت گلیو در دانشنامهٔ اسلام، علی حداقل به لحاظ معنوی سردستهٔ مخالفان عثمان بود. در دوران خلافت عثمان، علی به همراه صحابهٔ دیگری از محمد از جمله طلحه و زبیر از منتقدان عثمان بود. او عنوان می‌داشت که عثمان از سنت پیامبر دچار انحراف شده‌است. مهمترین موارد اختلاف با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی بود. علی اصرار داشت که «حدود الهی» باید اجرا شود. از جمله در قضیهٔ شرب‌نوشی ولید، حاکم کوفه، گفته می‌شود حد به دست خود علی اجرا شد. در قضیهٔ تبعید ابوذر، با وجود ممنوعیت تعیین‌شده توسط عثمان، علی با فرزندانش ابوذر را بدرقه کرد.۱۱۷ همچنین به نوشتهٔ پوناوالا در دانشنامهٔ ایرانیکا، به روایت ابن اعثم علی می‌دانست که عثمان جرئت نداشت که بر ضد وی عمل کند. در چند موقعیت، علی با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی اختلاف نظر داشت. علی علناً نسبت به ابوذر غفاری اظهار همدردی کرده و قاطعانه در دفاع از عمار بن یاسر سخن رانده بود.۱۱۸ به نوشته ون‌دانزل، علی از لحاظ دینی عثمان را بدعت‌گزار می‌دانست و از لحاظ سیاسی نیز از مخالفان عثمان بود.۱۰۵ مردم در برخی از شهرها و مناطق علیه عثمان شورش کردند و به سوی مدینه رو آوردند. عثمان در ابتدا حکم مجازات شورشیان را صادر کرد اما وقتی توسط پیک سریعی که عبدالله بن سعد فرستاده بود، از قصد شورشیان آگاه شد، چون نمی‌خواست که راه برای خشونت دیگر قشرها باز شود، تمایلی به پذیرش شورشیان نشان نداد. پس به دیدار علی رفت و از او خواست که با شورشیان دیدار کرده و آن‌ها را به بازگشت به شهر و دیارشان وادارد. عثمان ضمن اینکه خود را از این پس ملزم به پیروی از توصیه‌های علی می‌کرد، به وی اختیار تام داد تا هر گونه که می‌خواهد با شورشیان مذاکره کند. علی به وی یادآوری کرد که قبلاً هم با وی در این باره صحبت کرده بود، ولی عثمان ترجیح داده که از مروان بن حکم و بنی‌امیه حرف‌شنوی کند. عثمان قول داد که از این پس، از آنان روی گردانده و از علی حرف‌شنوی کرده و دستور داد که دیگر انصار و مهاجران به علی بپیوندند. او همچنین از عمار خواست که به این گروه بپیوندد ولی وی این پیشنهاد را رد کرد.۱۱۹ علی در این زمان بدون آنکه مستقیماً با عثمان مخالفت کند، تأثیری بازدارنده بر وی داشت. او انتقادات دیگر صحابه را به گوش عثمان می‌رساند و از جانب عثمان با مخالفانی که از دیگر استان‌ها به مدینه آمده بودند، مذاکره کرد که به نظر می‌رسد این امر سبب بروز بدگمانی بین علی و اقوام عثمان گشت. بعداً که شورشیان منزل عثمان را محاصره کردند، علی با اصرار بر اینکه عثمان نباید از آب منع شود، تلاش کرد تا از شدت حصر بکاهد.۱۲۰ وقتی عثمان در معرض خطر حمله قرار گرفت، علی پسرانش را به منظور محافظت از خانهٔ وی روانه کرد. وقتی عثمان را شورشیان کشتند، علی پسرانش را به دلیل محافظت نامناسب از خانهٔ عثمان مؤاخذه کرد.